Úgy tűnik, mintha Motoros válasza kissé megbántott volna, pedig biztos vagyok benne, hogy nem bántó szándékkal írta, amit írt.
Ugyanakkor be kell látnod, hogy - legalábbis a probléma felvetésed alapján úgy tűnik - egyáltalán nem vagy képben egy php szkriptekből felépülő oldal működésével kapcsolatban, ha az oldal szerkesztésének megoldását az index.php szerkesztésével akarod kezdeni...

Az index.php rengeteg összetevő meghívásával, belefoglalással (include) több más szkriptől állítja össze a felhasználó számára megjelenő "végeredményt", vagyis a böngészőben látható weboldalt.
Miután az oldal tartalmi összetevői így már rendelkezésre állnak, végül az oldal megjelenését, elrendezését legfőképp a sablon szkriptjei határozzák meg.
Motoros erre utalt a szakács hasonlattal, aki a "háttérben rohangászik" (értsd: a szkriptek lefutnak a szerveren), s ezután "tálalja fel" a kész eredményt (értsd: az összerakott oldalt leküldi a kliens böngészőjébe, amit az megjelenít).
A böngészőben a forráskód tanulmányozásakor Te már a végeredményt (a kész, összerakott html kódot) látod, s nem a .php szkriptek tartalmát.
Ennyi rizsa után a lényeg:
Ha az oldalon az AdsManager-en kívül más, egyedi html szkriptekkel létrehozott hirdetést is meg akarsz jeleníteni, ezek szkriptjét (pl. az eTarget által adott, beilleszthető javascript vagy akármilyen kódot) tedd egyéni html modulba, ami egy szimpla feladat, és nem szükséges hozzá az index.php-ben való turkálás. Egyébként az ilyen turkálást is csak a php nyelv megfelelő szintű ismeretében szabad/célszerű elkezdeni, mert egyébként pár rossz utasítással, hibás szintaktikával megírt kóddal könnyen tönkrevághatod az egész oldaladat.
Remélem, válaszommal nem bántottalak meg, és a Motoros válaszával beléd fúródott szálkát is sikerült kioperálnom...