kategória kihagyása az URL-ből SEO szempontból jó vagy rossz?

Én azt gondolom, mindenképpen foglalkoznod kell a htaccess -ben az átirányítással.
Különösen azokkal az url címekkel, ahol külső oldalakról kapsz hivatkozást!!!
Vagy a legforgalmasabb belépő oldalaiddal!

Amennyiben ez egy régóta üzemelő oldal, biztosan lesz egy visszaesés...

Valóban lehet visszaesés, de ha oldaltérkép és átirányítás van akkor ez nem tart túl sokáig és nem lesz vészes.
Az átirányításra, ha nem vagy .htaccess guru akkor kapcsold be a Jooma átirányítás komponenst és plugint és ott figyeld mire ad a Joomla legtöbbször hibát és ott a régi URL-nek meg tudod adni az új URL-t. Első körben azokkal foglalkozz ahol magas a találati arány.